Elle est structurée selon quatre collèges :
- Collège de pilotage (CP)
Il est composé de représentants de départements ministériels ou de structures nationales de coordination, ainsi que du président de la commission. Voir sa composition
- Collège des contributeurs aux infrastructures (CC)
Il est composé de représentants d’organismes, de laboratoires ou de structures fédératives (GRGS, RESIF…) contribuant ou susceptibles de contribuer à ces infrastructures
- Collège des liaisons internationales (CI)
Il est composé de personnes en liaison avec les organisations internationales concernées (dont européennes)
- Collège des experts et utilisateurs (CU)
Il est composé de représentants de communautés d’utilisateurs et d’experts choisis par la commission.